肠镜能报销，它是属于医保范围内的一种检查项目。平时如果需要进行肠镜检查，一定要及时检查。所以不管是门诊检查还是住院检查，这一部分费用都是可以报销的。不过费用并不是100%的报销，不同的地区不同的医院报销的比例可能有所不同。
1.如果是商业医疗保险，则若被保险人只是看门诊做肠镜检查，而不需要住院，那么一般只有门急诊险才能予以报销，其主要可对被保险人因为疾病或意外而发生的门诊急诊医疗费用进行报销。如果被保险人是在住院的时候需要做肠镜，属于合理且必要的检查治疗步骤，那么因此而发生的医疗费用，商业医疗保险一般都是可以予以报销的，比如百万医疗险就可以对被保险人因为疾病或意外而发生的合理且必要的住院医疗费用、住院前后门急诊医疗费用、特殊门诊医疗费用、门诊手术医疗费用进行报销；
2.如果是基本医保，则如果参保人是在看门诊的时候进行的肠镜检查，那么可以用医保个人账户进行支付，而不能用医保统筹账户报销。但是，如果参保人是因为较重疾病而住院，必须进行肠镜检查，则可以使用医保统筹账户进行报销。
法律依据
《中华人民共和国社会保险法》
第二十 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条 参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
第三十条 下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
（一）应当从工伤保险基金中支付的；
（二）应当由第三人负担的；
（三）应当由公共卫生负担的；
（四）在境外就医的。
